Dans l'avenir alternatif de Prey, le président Kennedy survit à son assassinat, ce qui déclenche une série d'événements amenant au conflit central du jeu d'Arkane Studios. Après s'être remis de cette tentative ratée, Kennedy lança sa nation plus avant dans la course à l'espace en prenant les rênes d'un programme en collaboration avec la Russie pour transformer un satellite russe en centre de recherches de pointe afin d'étudier les extraterrestres. Ce centre devint ensuite Talos I, une station spatiale extrêmement perfectionnée acquise par la société TranStar Corporation.

Se réveillant sur Talos I, Morgan trouve la station envahie par une entité extraterrestre appelée Typhon, autrefois maintenue en isolation et étudiée par les scientifiques pour améliorer les capacités humaines. À l'aide d'étranges pouvoirs tirés de ces expérimentations, Morgan devra survivre à cette incursion, découvrir les mystères qui entourent les Typhons et sauver l'humanité du danger qui menace à bord de la station.