Ni no Kuni: La vengeance de la Sorcière céleste raconte l'histoire touchante d'un jeune garçon nommé Oliver, parti explorer un monde parallèle dans l'espoir de devenir magicien et ressusciter sa mère qu'il vient de perdre. Chemin faisant, il sera amené à rencontrer de nouveaux amis et à dompter les nombreuses créatures étonnantes qui habitent ce monde. En son nom, elles livreront alors combat contre les monstres et autres ennemis impressionnants qui se mettront en travers de sa route.