L’action de XCOM 2 plonge les joueurs 20 ans après les événements d’XCOM quand l'humanité a perdu la guerre contre les extraterrestres, qui ont établi sur la planète un nouvel ordre mondial. L'organisation paramilitaire secrète XCOM a disparu de la plupart des mémoires et doit aujourd'hui contre-attaquer pour reprendre le contrôle de la planète et libérer l'humanité du joug extraterrestre.