L'action de Blue Reflection se déroule dans le lycée de filles d'Hoshinomiya, où les joueurs incarnent Hinako Shirai. Lorsque les rêves de devenir danseuse d'Hinako se brisent à la suite d'un accident, elle se renferme sur elle-même. Mais sa vie va changer après sa rencontre avec les jumelles Shijou qui deviennent ses nouvelles meilleures amies. Yuzu est la plus populaire des deux, grâce à son caractère enjoué, et Lime est la plus réfléchie et la plus égoïste du duo. 

Les deux jumelles confèrent à Hinako le pouvoir d'un Reflector, un champion capable de manipuler une mystérieuse dimension parallèle, le Common. Hinako peut librement se déplacer et modeler ce royaume grâce à son imagination, mais elle va vite comprendre les dangers qui pèsent sur elle et ses amies. Tandis qu'Hinako apprend à chérir ses amies et à créer des liens avec les autres, elle gagne de nouveaux pouvoirs à utiliser lors des combats dans le Common.