Medal of Honor Warfighter raconte l'histoire de l’agent de Tier 1, « Preacher » à son retour chez lui. Il y retrouve sa famille déchirée par ses années de missions à l'étranger. En essayant de sauver ce qu'il reste de son mariage, Preacher prend conscience de ce pour quoi il se bat : sa famille. Mais lorsqu'un explosif menace une zone civile, ses deux mondes entrent en collision. Preacher et ses coéquipiers sont envoyés sur place pour tenter de résoudre le problème.