Rufus est de retour ! Il s'efforce de quitter la planète pourrie de Déponia pour atteindre la cité volante légendaire d'Elysium, mais une lame de scie enflammée coince de nouveau Goal et Rufus sur Déponia. L'esprit de celle-ci se retrouve divisé en trois, et stocké dans trois disques.

Rufus doit convaincre les trois parties de Goal de se réunir en une seule, partir à l'aventure avec elle, et sauver Déponia de la ruine.
La deuxième aventure sur Déponia possède une histoire unique jouable sans avoir terminé la première. Les fans du premier jeu découvriront de nouveaux éléments sur les personnages principaux et obtiendront des réponses à certaines questions.