<p style="\\\\\\\\&quot;text-align:" justify;\\\\\\\\"=""> Un avion de ligne est abattu par un missile de fabrication américaine, l'attentat est revendiqué par le Cheik Shaheed, dirigeant du groupe terroriste Al-Samaad. L'agent Michael Thorton, dernière recrue d'une organisation gouvernementale secrète américaine, l'Alpha Protocol, est envoyé en mission en Arabie Saoudite afin de retrouver la trace des missiles volés à la société d'armement américaine Halbech, mais également pour assassiner le Cheik Shaheed. Cependant, tout ne se passe pas comme prévu et l'agent Thorton se retrouvera dans une histoire bien plus complexe qu'une simple histoire d'attentat terroriste. Il devra alors voyager à Rome, Moscou et Taipei sous couvert de mensonges et de trahisons pour établir la vérité…