Atelier Sophie se déroule dans un univers beau et coloré rappelant l'Europe médiévale, et relate les exploits d'une alchimiste débutante apprenant qu'elle possède un curieux grimoire dans lequel une âme est prisonnière. Ce livre mystérieux, qui semble détenir tous les secrets du savoir alchimique, devient le mentor de Sophie. Alors qu'elle développe ses compétences en alchimie, Sophie révèle des souvenirs oubliés qui dissiperont peu à peu l'histoire étrange des origines du livre.