Komaru Naegi, la petite sœur de Makoto Naegi, a été emprisonnée dans un mystérieux appartement pendant plus d’un an. Un jour, elle est libérée par Byakuya Togami de la Future Foundation, mais une centaine de Monokumas lancent l’attaque et empêchent le sauvetage d’aboutir. Komaru découvre alors que la ville est sous le contrôle d’un groupe d’enfants, les Warriors of Hope. Leur chef, Monaca, veut que la ville devienne le paradis des enfants, et il croit que pour y parvenir, il faut exterminer tous les adultes. Komaru s’associe alors avec Toko Fukawa pour tenter de survivre aux Monokumas, d’échapper aux enfants et de découvrir les terribles secrets de la ville.