Kiwami relate l'arc original de Yakuza. Au début du jeu, le protagoniste de l'histoire, Kazuma Kiryu, est injustement accusé du meurtre du patriarche de sa famille et jeté en prison. Pour compliquer encore les choses, durant les 10 ans qu'il passe derrière les barreaux, Kiryu est non seulement banni des Yakuza par son clan, mais 10 milliards de yens disparaissent... Un malheur n'arrivant jamais seul, la petite amie de Kiryu a également disparu. Toute la pègre japonaise est à la recherche de l'argent disparu, et Kiryu est livré à lui-même. Alors qu'il essaie de retrouver la trace de sa petite amie, il rencontre une orpheline, Haruka. Plongé dans un monde d'intrigues et de trahisons, Kiryu ne s'arrêtera devant rien pour laver son honneur.