Atelier Sophie 2: The Alchemist of the Mysterious Dream poursuit les aventures de Sophie et Plachta. Après avoir quitté leur village natal de Kirchen Bell, les deux amies découvrent un arbre gigantesque, identique à celui que Plachta a vu en rêves. Tandis qu’elles s’en rapprochent, un mystérieux vortex les aspire. Sophie se réveille alors seule dans un tout nouveau monde étranger appelé Erde Wiege. Elle ne tarde pas à entendre parler d’une alchimiste nommée Plachta qui vit aux portes de la ville, dans son atelier. Lorsque Sophie arrive sur les lieux, elle rencontre cette fameuse Plachta, et même si l’alchimiste partage le même nom que son amie, elle ne reconnait pas Sophie.