Vous incarnez un membre de l'unité secrète du F.E.A.R, chargé de retrouver Paxton Fettel, un sombre personnage dont vous ne savez quasiment rien, celui-ci a pris le contrôle des soldats réplicas qui lui obéissent par la pensée. Vous êtes envoyé en premier dans un bâtiment abandonné car le signal de Fettel a été détecté dans celui-ci. Mais ce dernier vous tend une embuscade et vous assomme. A votre réveil Fettel est parti et son signal a disparu. Vous êtes envoyé, par la suite, dans un complexe aérospatial (l'ATC) après qu'un commando inconnu s'y est introduit pour neutraliser la menace. Après votre arrivée, vous êtes momentanément séparé de votre équipe. À votre retour, il ne reste que leurs os, un flash-back se produit; on y voit l'unité se faire littéralement déchiqueter sans pouvoir réagir alors qu'une petite fille vêtue d'une robe rouge, le visage caché par de longs cheveux noirs apparait.